Cleaner (kadi.kidas.cleaner)¶
Cleaner is the tabular agricultural data cleaning class of KadiPy. It provides six cleaning methods tailored for Beninese agricultural files: duplicates, missing values, statistical outliers, heterogeneous dates, unnormalized text, and mixed decimal separators.
Each method updates the internal DataFrame and returns that DataFrame, enabling method chaining in a single expression.
Initialization¶
Cleaner receives a pandas.DataFrame and creates an internal copy. The original DataFrame is never modified.
Exception: CleanError if the provided argument is not a DataFrame.
Cleaning Methods¶
drop_dupes(subset=None, keep='first')¶
Removes duplicate rows.
df_clean = cleaner.drop_dupes()
# On a subset of columns
df_clean = cleaner.drop_dupes(subset=["culture", "marche", "date"])
# Keep last occurrence instead of first
df_clean = cleaner.drop_dupes(keep="last")
| Parameter | Type | Default | Description |
|---|---|---|---|
subset |
list[str] or None |
None |
Columns to consider for duplicate detection. None for all columns. |
keep |
str |
'first' |
'first': first occurrence, 'last': last occurrence, False: drop all duplicates |
Returns: pd.DataFrame
fill_missing(strategy='mean', cols=None)¶
Handles missing values (NaN) according to a selected strategy. Only numeric columns are affected by 'mean' and 'median'.
# Median imputation on all numeric columns
df_clean = cleaner.fill_missing(strategy="median")
# Temporal propagation on specific columns
df_clean = cleaner.fill_missing(
strategy="forward_fill",
cols=["prix_xof_kg", "temperature"],
)
# Remove incomplete rows
df_clean = cleaner.fill_missing(strategy="drop")
| Parameter | Type | Default | Description |
|---|---|---|---|
strategy |
str |
'mean' |
Imputation strategy: 'mean', 'median', 'forward_fill', 'drop' |
cols |
list[str] or None |
None |
Target columns. None for all columns. |
Available Strategies:
| Value | Behavior |
|---|---|
'mean' |
Replaces NaNs with the mean of each numeric column |
'median' |
Replaces NaNs with the median of each numeric column |
'forward_fill' |
Propagates the last known value forward (ffill + fallback bfill) |
'drop' |
Removes rows containing at least one NaN in target columns |
Returns: pd.DataFrame
Exception: CleanError if provided strategy is unknown.
drop_outliers(method='iqr', thresh=1.5, cols=None)¶
Detects and removes statistical outliers on numeric columns. Returns a tuple: the cleaned DataFrame and the DataFrame of excluded rows.
# IQR method (default)
df_clean, df_outliers = cleaner.drop_outliers()
# Z-score with custom threshold
df_clean, df_outliers = cleaner.drop_outliers(method="zscore", thresh=3.0)
# MAD on targeted columns
df_clean, df_outliers = cleaner.drop_outliers(
method="mad",
thresh=3.5,
cols=["prix_xof_kg", "rendement_kg"],
)
# Inspect excluded rows
print(f"{len(df_outliers)} outlier(s) detected")
print(df_outliers)
| Parameter | Type | Default | Description |
|---|---|---|---|
method |
str |
'iqr' |
Detection method: 'iqr', 'zscore', 'mad' |
thresh |
float |
1.5 |
Detection threshold (1.5 for IQR, 3.0 recommended for Z-score) |
cols |
list[str] or None |
None |
Numeric columns to analyze. None for all numeric columns. |
Available Methods:
| Value | Algorithm |
|---|---|
'iqr' |
Tukey's rule: excludes values outside [Q1 - 1.5*IQR, Q3 + 1.5*IQR] |
'zscore' |
Excludes values whose standardized Z-score exceeds thresh |
'mad' |
Median Absolute Deviation, robust to skewed distributions |
Returns: tuple[pd.DataFrame, pd.DataFrame]: (cleaned DataFrame, outliers DataFrame)
Exception: CleanError if provided method is unknown.
parse_dates(cols=None, infer=True)¶
Normalizes date columns to datetime64. Uses pd.to_datetime with pandas "mixed" mode (compatible with heterogeneous formats). Unparsable values are converted to NaT without raising an error.
# Auto-detection on all object type columns
df_clean = cleaner.parse_dates()
# On specific columns
df_clean = cleaner.parse_dates(cols=["date_recolte", "date_saisie"])
| Parameter | Type | Default | Description |
|---|---|---|---|
cols |
list[str] or None |
None |
Columns to convert. None: all object columns. |
infer |
bool |
True |
Infers format automatically (currently always active). |
Returns: pd.DataFrame
norm_text(cols=None, case='lower')¶
Standardizes text columns: leading and trailing whitespace trimming, accent normalization (ASCII), and case application.
# Lowercase normalization on all text columns
df_clean = cleaner.norm_text()
# Uppercase on specific columns
df_clean = cleaner.norm_text(cols=["culture", "marche"], case="upper")
# Title case
df_clean = cleaner.norm_text(cols=["marche"], case="title")
| Parameter | Type | Default | Description |
|---|---|---|---|
cols |
list[str] or None |
None |
Text columns. None: all object columns. |
case |
str |
'lower' |
Case: 'lower', 'upper', 'title' |
Returns: pd.DataFrame
strip_chars(cols=None, keep='')¶
Removes special characters from text columns. Preserves only alphanumeric characters, spaces, and characters explicitly listed in keep.
# Complete removal of special characters
df_clean = cleaner.strip_chars()
# Preserving hyphen (useful for plot codes like "PAR-001")
df_clean = cleaner.strip_chars(cols=["code_parcelle"], keep="-")
| Parameter | Type | Default | Description |
|---|---|---|---|
cols |
list[str] or None |
None |
Text columns. None: all object columns. |
keep |
str |
'' |
Characters not to remove (e.g. '-', '_.') |
Returns: pd.DataFrame
check_decimals(cols=None)¶
Detects co-existence of . and , decimal separators in text columns. Useful for diagnosing export files mixing French and English conventions. Does not modify the DataFrame.
report = cleaner.check_decimals(cols=["prix_xof_kg", "rendement"])
# Example output
# {
# "prix_xof_kg": {
# "has_dot": True,
# "has_comma": True,
# "mixed": True,
# "count_dot": 42,
# "count_comma": 8
# }
# }
for column, info in report.items():
if info["mixed"]:
print(f"Mixed separators detected in '{column}': {info['count_dot']} dots, {info['count_comma']} commas")
| Returned Key | Type | Description |
|---|---|---|
has_dot |
bool |
Presence of . separator in the column |
has_comma |
bool |
Presence of , separator in the column |
mixed |
bool |
True if both co-exist |
count_dot |
int |
Number of values with . as decimal |
count_comma |
int |
Number of values with , as decimal |
Returns: dict[str, dict] (one entry per analyzed column). Does not modify self.df.
report()¶
Returns the full report of cleaning operations performed since Cleaner initialization.
cleaner = Cleaner(df)
cleaner.drop_dupes()
cleaner.fill_missing(strategy="median")
cleaner.drop_outliers(method="iqr")
report = cleaner.report()
# {
# "lignes_initiales": 1500,
# "lignes_finales": 1421,
# "colonnes_initiales": 8,
# "colonnes_finales": 8,
# "doublons_supprimes": 23,
# "nan_traites": 14,
# "outliers_detectes": 42,
# "dates_corrigees": 0,
# "operations": [...]
# }
| Key | Type | Description |
|---|---|---|
lignes_initiales |
int |
Number of rows before any cleaning |
lignes_finales |
int |
Number of rows after cleaning |
colonnes_initiales |
int |
Number of columns at initialization |
colonnes_finales |
int |
Number of columns after cleaning |
doublons_supprimes |
int |
Total duplicates removed |
nan_traites |
int |
Total missing values handled |
outliers_detectes |
int |
Total outliers removed |
dates_corrigees |
int |
Total date values converted |
operations |
list |
Detailed history of each operation |
Full Chained Example¶
import kadi as kd
from kadi.kidas import Cleaner
df = kd.read_csv("enquete_prix_2024.csv")
cleaner = Cleaner(df)
# Method chaining for steps returning a DataFrame
cleaner.drop_dupes(subset=["culture", "marche", "date"])
cleaner.fill_missing(strategy="median", cols=["prix_xof_kg", "quantite_kg"])
cleaner.norm_text(cols=["culture", "marche"])
cleaner.parse_dates(cols=["date"])
# drop_outliers returns a tuple: explicit unpacking required
df_clean, df_outliers = cleaner.drop_outliers(method="iqr", cols=["prix_xof_kg"])
report = cleaner.report()
print(f"Rows: {report['lignes_initiales']} -> {report['lignes_finales']}")
print(f"Extracted outliers: {len(df_outliers)}")
drop_outliersreturns atuplerather than just the DataFrame. It cannot be chained directly with other methods.
Usage in a Pipeline¶
Cleaner is used internally by Pipeline when adding a cleaning step via add_step or clean.
from kadi.kidas import Pipeline
df, report = (
Pipeline()
.add_source("recoltes.csv")
.add_step("drop_dupes")
.add_step("fill_missing", strategy="median")
.add_step("drop_outliers", method="iqr")
.add_step("norm_text")
.run()
)
For pipeline documentation, see Pipeline.
Backward Compatibility¶
Legacy method names emit a DeprecationWarning and continue to function until KadiPy v2.0:
| Legacy Name (before v1.2.0) | New Name |
|---|---|
remove_duplicates() |
drop_dupes() |
handle_missing_values() |
fill_missing() |
remove_outliers() |
drop_outliers() |
fix_dates() |
parse_dates() |
standardize_text() |
norm_text() |
remove_special_chars() |
strip_chars() |
detect_inconsistent_decimals() |
check_decimals() |
get_cleaning_report() |
report() |
Likewise, the class name DataCleaner is an alias of Cleaner.
Cleaner ¶
Classe de nettoyage des données agricoles tabulaires.
Fournit une suite complète de méthodes pour détecter et corriger les anomalies courantes dans les fichiers agricoles : doublons, valeurs manquantes, outliers statistiques, dates incohérentes et texte non normalisé.
Chaque méthode de nettoyage met à jour le rapport interne (_report) et retourne le DataFrame modifié. Cela permet un usage enchaîné.
Attributs
df (pd.DataFrame): Le DataFrame en cours de nettoyage. _report (dict): Journal des opérations de nettoyage effectuées.
Exemple
cleaner = Cleaner(df) df_propre = ( ... cleaner ... .drop_dupes() ... .fill_missing(strategy='mean') ... .parse_dates(cols=['date_recolte']) ... ) print(cleaner.report())
Source code in kadi/kidas/cleaner.py
34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 377 378 379 380 381 382 383 384 385 386 387 388 389 390 391 392 393 394 395 396 397 398 399 400 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 411 412 413 414 415 416 417 418 419 420 421 422 423 424 425 426 427 428 429 430 431 432 433 434 435 436 437 438 439 440 441 442 443 444 445 446 447 448 449 450 451 452 453 454 455 456 457 458 459 460 461 462 463 464 465 466 467 468 469 470 471 472 473 474 475 476 477 478 479 480 481 482 483 484 485 486 487 488 489 490 491 492 493 494 495 496 497 498 499 500 501 502 503 504 505 506 507 508 509 510 511 512 513 514 515 516 517 518 519 520 521 522 523 524 525 526 527 528 529 530 531 532 533 534 535 536 537 538 539 540 541 542 543 544 545 546 547 548 549 550 551 552 553 554 555 556 557 558 559 560 561 562 563 564 565 566 567 568 569 570 571 572 573 574 575 576 577 578 579 580 581 582 583 584 585 586 587 588 589 590 591 592 593 594 595 596 597 598 599 600 601 602 603 604 605 606 607 608 609 610 611 612 613 614 615 616 617 618 619 620 621 622 623 624 625 626 627 628 629 630 631 632 633 634 635 636 637 638 639 640 641 642 643 644 645 646 647 648 649 650 651 652 653 654 655 656 657 658 659 660 661 662 663 664 665 666 667 668 669 670 671 672 673 674 675 676 677 678 679 | |
__init__ ¶
Initialise le nettoyeur avec le DataFrame à traiter.
Parameters:
| Name | Type | Description | Default |
|---|---|---|---|
df
|
DataFrame
|
Le DataFrame source à nettoyer. Une copie interne est créée pour ne pas modifier l'original. |
required |
Raises:
| Type | Description |
|---|---|
CleanError
|
Si l'argument fourni n'est pas un DataFrame. |
Source code in kadi/kidas/cleaner.py
__getattr__ ¶
Intercepte les anciens noms de méthodes pour la rétrocompatibilité.
Permet aux scripts utilisant les anciens noms (ex: remove_duplicates) de continuer à fonctionner avec un DeprecationWarning.
Parameters:
| Name | Type | Description | Default |
|---|---|---|---|
name
|
str
|
Nom de la méthode demandée. |
required |
Returns:
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
callable |
La méthode correspondant au nouveau nom. |
Raises:
| Type | Description |
|---|---|
AttributeError
|
Si le nom n'est pas un alias connu. |
Source code in kadi/kidas/cleaner.py
drop_dupes ¶
Supprime les lignes dupliquées du DataFrame.
Parameters:
| Name | Type | Description | Default |
|---|---|---|---|
subset
|
list[str] | None
|
Liste des colonnes à considérer pour la détection des doublons. None pour toutes les colonnes. Par défaut None. |
None
|
keep
|
str
|
Stratégie de conservation : 'first' pour garder la première occurrence, 'last' pour la dernière, False pour supprimer toutes les occurrences. Par défaut 'first'. |
'first'
|
Returns:
| Type | Description |
|---|---|
DataFrame
|
pd.DataFrame: DataFrame sans doublons. |
Source code in kadi/kidas/cleaner.py
fill_missing ¶
Traite les valeurs manquantes (NaN) selon une stratégie donnée.
Parameters:
| Name | Type | Description | Default |
|---|---|---|---|
strategy
|
str
|
Stratégie d'imputation parmi : - 'mean' : remplace les NaN par la moyenne de la colonne. - 'median' : remplace par la médiane. - 'forward_fill' : propage la dernière valeur connue. - 'drop' : supprime les lignes contenant des NaN. Par défaut 'mean'. |
'mean'
|
cols
|
list[str] | None
|
Colonnes cibles. None pour toutes les colonnes. Par défaut None. Alias accepté : columns= (rétrocompatibilité). |
None
|
Returns:
| Type | Description |
|---|---|
DataFrame
|
pd.DataFrame: DataFrame avec les valeurs manquantes traitées. |
Raises:
| Type | Description |
|---|---|
CleanError
|
Si la stratégie fournie est invalide. |
Source code in kadi/kidas/cleaner.py
175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 | |
drop_outliers ¶
drop_outliers(method: str = 'iqr', thresh: float = 1.5, cols: Optional[List[str]] = None, **kwargs) -> Tuple[pd.DataFrame, pd.DataFrame]
Détecte et supprime les outliers statistiques du DataFrame.
Parameters:
| Name | Type | Description | Default |
|---|---|---|---|
method
|
str
|
Méthode de détection parmi : - 'iqr' : règle des 1.5 × IQR (interquartile range). - 'zscore' : seuil sur le Z-score standardisé. - 'mad' : Median Absolute Deviation, robuste aux outliers. Par défaut 'iqr'. |
'iqr'
|
thresh
|
float
|
Seuil de détection. Pour 'iqr' : 1.5 standard. Pour 'zscore' : 3.0 recommandé. Par défaut 1.5. Alias accepté : threshold= (rétrocompatibilité). |
1.5
|
cols
|
list[str] | None
|
Colonnes numériques à analyser. None pour toutes les colonnes numériques. Par défaut None. Alias accepté : columns= (rétrocompatibilité). |
None
|
Returns:
| Type | Description |
|---|---|
Tuple[DataFrame, DataFrame]
|
tuple[pd.DataFrame, pd.DataFrame]: Tuple contenant : - Le DataFrame sans outliers. - Le DataFrame des lignes identifiées comme outliers. |
Raises:
| Type | Description |
|---|---|
CleanError
|
Si la méthode fournie est invalide. |
Source code in kadi/kidas/cleaner.py
261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 | |
parse_dates ¶
Normalise les formats de dates hétérogènes dans les colonnes spécifiées.
Tente de parser les dates avec pd.to_datetime(), en inférant le format si possible. Les valeurs non parsables sont laissées comme NaT.
Parameters:
| Name | Type | Description | Default |
|---|---|---|---|
cols
|
list[str] | None
|
Liste des colonnes contenant des dates. Alias accepté : columns= (rétrocompatibilité). |
None
|
infer
|
bool
|
Si True, infère automatiquement le format de date. Par défaut True. Alias accepté : infer_format= (rétrocompatibilité). |
True
|
Returns:
| Type | Description |
|---|---|
DataFrame
|
pd.DataFrame: DataFrame avec les colonnes de dates normalisées en datetime64. |
Source code in kadi/kidas/cleaner.py
378 379 380 381 382 383 384 385 386 387 388 389 390 391 392 393 394 395 396 397 398 399 400 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 411 412 413 414 415 416 417 418 419 420 421 422 423 424 425 426 427 428 429 430 431 432 433 434 435 436 437 438 439 440 441 442 443 444 445 446 447 448 449 450 451 452 453 454 455 456 457 458 459 460 461 462 463 | |
norm_text ¶
Standardise le texte des colonnes : trim, casse, suppression d'accents.
Parameters:
| Name | Type | Description | Default |
|---|---|---|---|
cols
|
list[str] | None
|
Colonnes texte à standardiser. Par défaut None : toutes les colonnes texte. Alias accepté : columns= (rétrocompatibilité). |
None
|
case
|
str
|
Casse à appliquer : 'lower', 'upper' ou 'title'. Par défaut 'lower'. |
'lower'
|
Returns:
| Type | Description |
|---|---|
DataFrame
|
pd.DataFrame: DataFrame avec les colonnes texte standardisées. |
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strip_chars ¶
Supprime les caractères spéciaux des colonnes texte.
Parameters:
| Name | Type | Description | Default |
|---|---|---|---|
cols
|
list[str] | None
|
Colonnes texte à nettoyer. Par défaut None : toutes les colonnes texte. Alias accepté : columns= (rétrocompatibilité). |
None
|
keep
|
str
|
Chaîne de caractères à préserver même s'ils sont spéciaux (ex: '-' pour les codes). Par défaut ''. Alias accepté : keep_chars= (rétrocompatibilité). |
''
|
Returns:
| Type | Description |
|---|---|
DataFrame
|
pd.DataFrame: DataFrame avec les caractères spéciaux supprimés. |
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check_decimals ¶
Détecte le mélange de séparateurs décimaux (. et ,) dans les colonnes.
Parameters:
| Name | Type | Description | Default |
|---|---|---|---|
cols
|
list[str]
|
Colonnes à inspecter (doivent être de type str ou object pour contenir les deux styles de décimales). Alias accepté : columns= (rétrocompatibilité). |
None
|
Returns:
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
dict |
Dict[str, dict]
|
Dictionnaire par colonne avec les clés : - 'has_dot' (bool) : présence du séparateur '.'. - 'has_comma' (bool) : présence du séparateur ','. - 'mixed' (bool) : True si les deux coexistent. - 'count_dot' (int) : nombre de valeurs avec '.'. - 'count_comma' (int) : nombre de valeurs avec ','. |
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report ¶
Retourne le rapport complet des opérations de nettoyage effectuées.
Returns:
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
dict |
dict
|
Rapport structuré contenant : - 'lignes_initiales' (int) : nb de lignes avant nettoyage. - 'lignes_finales' (int) : nb de lignes après nettoyage. - 'colonnes_initiales' (int) : nb de colonnes à l'origine. - 'doublons_supprimes' (int) : total des doublons supprimés. - 'nan_traites' (int) : total des NaN traités. - 'outliers_detectes' (int) : total des outliers supprimés. - 'dates_corrigees' (int) : total des dates corrigées. - 'operations' (list) : historique détaillé des opérations. |